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Tags: cctbx-ci cctbx-docs cctbx-nightly cctbxlite-nightly phenix-docs phenix-externals phenix-nightly phenix-qrefine phenix-source py3-syntax-ci syntax-ci |
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| cctbx-ci | cctbx-docs | cctbx-nightly | cctbxlite-nightly | phenix-docs | phenix-externals | phenix-nightly | phenix-qrefine | phenix-source | py3-syntax-ci | syntax-ci | |||||||||||||||||
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Billy K. Poon
bkpoon@lbl.gov |
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CI: add checkout step [skip ci] |
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Billy K. Poon
bkpoon@lbl.gov |
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| boost: add temporary flag for Boost Timer deprecation | |||||||||||||||||||||||||||
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Billy K. Poon
bkpoon@lbl.gov |
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| libtbx: remove fastentrypoints.py | |||||||||||||||||||||||||||
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Billy K. Poon
bkpoon@lbl.gov |
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| CI: switch mamba to conda | |||||||||||||||||||||||||||
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Billy K. Poon
bkpoon@lbl.gov |
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libtbx: updates for Python 3.13 - unittest.makeSuite -> unittest.defaultTestLoader.loadTestsFromTestCase - __firstlineno__ and __static_attributes__ are new default class attributes - leading whitespace in docstring is removed |
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Nigel W. Moriarty
nwmoriarty@lbl.gov |
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| reversed unneeded change | |||||||||||||||||||||||||||
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Nigel W. Moriarty
nwmoriarty@lbl.gov |
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| passing cif_object to model | |||||||||||||||||||||||||||
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Nigel W. Moriarty
nwmoriarty@lbl.gov |
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| make defaults the same as old | |||||||||||||||||||||||||||
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Billy K. Poon
bkpoon@lbl.gov |
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conda: clean up devenv file fot cctbx dependencies [skip ci] |
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terwill
tterwilliger@newmexicoconsortium.org |
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| Allow const_shrink_donor_acceptor to be set in holton_geometry_validation | |||||||||||||||||||||||||||
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Pavel
pafonine@lbl.gov |
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| fix indentation | |||||||||||||||||||||||||||
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Billy K. Poon
bkpoon@lbl.gov |
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Update CHANGELOG.rst for 2024.9 release [skip ci] |
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Billy K. Poon
bkpoon@lbl.gov |
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libtbx: remove most distutils imports - Fixes #1018 for more general Python 3.12 support - Three remaining distutils imports remain, but in deprecated code |
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Billy K. Poon
bkpoon@lbl.gov |
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| CI: add back channel for Python 3.13 release candidates | |||||||||||||||||||||||||||
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Billy K. Poon
bkpoon@lbl.gov |
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| CI: use conda-forge scons for syntax check | |||||||||||||||||||||||||||
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terwill
tterwilliger@newmexicoconsortium.org |
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| Allow specification of model filename in get_fmodel (in case more than one is present in data manager) | |||||||||||||||||||||||||||
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Nigel W. Moriarty
nwmoriarty@lbl.gov |
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| small adjustment | |||||||||||||||||||||||||||
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Nigel W. Moriarty
nwmoriarty@lbl.gov |
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| fixed link_residues test | |||||||||||||||||||||||||||
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Pavel
pafonine@lbl.gov |
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| Make sure to apply remove_selection | |||||||||||||||||||||||||||
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Billy K. Poon
bkpoon@lbl.gov |
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conda: add Boost packages and bump minimum Python version [skip ci] |
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Billy K. Poon
bkpoon@lbl.gov |
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conda: add qt-webengine to devenv file [skip ci] |
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Nigel W. Moriarty
nwmoriarty@lbl.gov |
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| better cyclic testing | |||||||||||||||||||||||||||
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Nigel W. Moriarty
nwmoriarty@lbl.gov |
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| corrected missing angles | |||||||||||||||||||||||||||
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Billy K. Poon
bkpoon@lbl.gov |
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CI: ignore conda enviroment removal failure [skip ci] |
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Billy K. Poon
bkpoon@lbl.gov |
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bootstrap: add AlphaFold repository [skip ci] |
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Billy K. Poon
bkpoon@lbl.gov |
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cootbx: make file finding more portable - Works for both development builds and installer builds [skip ci] |
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Oleg Sobolev
osobolev@lbl.gov |
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| Better handle whitespaces and other symbols in the filename | |||||||||||||||||||||||||||
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Nigel W. Moriarty
nwmoriarty@lbl.gov |
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| small adjustment | |||||||||||||||||||||||||||
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Pavel
pafonine@lbl.gov |
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| Catch None in arrays supplied to the minimizer | |||||||||||||||||||||||||||
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terwill
tterwilliger@newmexicoconsortium.org |
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| quote chain ID in selections | |||||||||||||||||||||||||||
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Nigel W. Moriarty
nwmoriarty@lbl.gov |
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| update | |||||||||||||||||||||||||||
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Oleg Sobolev
osobolev@lbl.gov |
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| Add assert_lines_not_in_file(), assert_lines_not_in_text() functions. | |||||||||||||||||||||||||||
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Oleg Sobolev
osobolev@lbl.gov |
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| Move parts of phenix_regression/mmtbx/tst_pdb_interpretation.csh here | |||||||||||||||||||||||||||
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Nigel W. Moriarty
nwmoriarty@lbl.gov |
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| revamped geo writing | |||||||||||||||||||||||||||
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Billy K. Poon
bkpoon@lbl.gov |
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CI: update mirror in syntax check [skip ci] |
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Oleg Sobolev
osobolev@lbl.gov |
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| Moved test from phenix_regression/mmtbx/tst_pdb_interpretation.csh | |||||||||||||||||||||||||||
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Nigel W. Moriarty
nwmoriarty@lbl.gov |
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| update | |||||||||||||||||||||||||||
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Pavel
pafonine@lbl.gov |
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| another try to apply remove_selection to water selection | |||||||||||||||||||||||||||
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Billy K. Poon
bkpoon@lbl.gov |
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| libtbx: remove entry point functions | |||||||||||||||||||||||||||
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terwill
tterwilliger@newmexicoconsortium.org |
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| Clean clutter | |||||||||||||||||||||||||||